در راستای توسعه استان سیستان و بلوچستان و تامین نیروی متخصص جوان در استان، دانشکده مهندسی در سال 1354 با پذیرش 86 دانشجو در مقطع کارشناسی مهندسی عمران آغاز به کار نمود. در سالهای بعد از تاسیس رشته عمران، دانشکده به سرعت در 4 گروه آموزشی مهندسی برق 1355، مهندسی مکانیک 1356، ومهندسی شیمی 1357گسترش یافت. پنجمین گروه آموزشی ، مهندسی مواد بود که در سال 1362 با پذیرش 50 دانشجو در مقطع کاردانی مهندسی مواد شروع به فعالیت نمود. در نتیجه تلاش های پرسنل آموزشی، سطح آموزشی گروه مواد در سال 1371 به مقطع کارشناسی در مهندسی متالورژی ارتقاء پیدا کرد. دو گروه آموزشی جدید التاسیس ، مهندسی معدن و مهندسی صنایع در سال 1385 برای اولین بار دانشجو پذیرفتند که با افزوده شدن این گروه ها تعداد گروه های آموزشی در این سال به عدد 7 رسید. در جهت توسعه دانشکده های مختلف اخیرا" گروه مهندسی برق به یک دانشکده مستقل به نام دانشکده مهندسی برق و کامپیوتر منتقل گردید که در نتیجه تعداد گروه های فعال در این دانشکده به 6 کاهش یافت. بعد از انقلاب شکوهمند اسلامی در سال 1357 نام دانشکده مهندسی مزین به نام شهید نیکبخت، استاد شهید گروه مهندسی برق، گردید و از آن تاریخ به بعد دانشکده مهندسی شهید نیکبخت نامیده شد..

برنامه آموزشی تحصیلات تکمیلی در دانشکده مهندسی شهید نیکبخت برای اولین بار در گروه مهندسی شیمی در سال 1368 و بعد از مدتی کوتاه در گروه های آموزشی مهندسی مکانیک و مهندسی عمران به اجرا گذاشته شد. در حال حاضر در4 گروه آموزشی مهندسی شیمی ، مهندسی مکانیک و مهندسی عمران در سطوح کارشناسی ارشد و دکتری، و همچنین در گروه مهندسی مواد و متالورژی در مقطع کارشناسی ارشد حدود 200 دانشجو در حال تحصیل می باشند. در این راستا نتیجه کارهای تحقیقاتی دانشجویان و اساتید به طور گسترده بصورت مقالات در کنگره های ملی و بین المللی ارائه و درمجلات معروف مهندسی و علوم به چاپ می رسند. سرمایه ارزشمند دانشکده مهندسی نیروی انسانی آن می باشد که در آن بیش از 2000 دانشجو، 70 عضو هیأت علمی و 70 کارمند آموزشی و اداری با سعی و تلاش خویش به سوی افقهای روشن و تابناک پیشرفت و ترقی در حال حرکت می باشند.